وی تا 10 سالگی در خانه‌ای که پیش‌تر از آنِ مشیرالسلطنه - صدراعظم استبداد صغیر- بود، زندگی کرد. سپس تا پنجم ابتدایی به دبستان رازی رفت و سال ششم را در دبستان رودکی که در کوچه شیرین، روبروی دبستان منوچهری - دانشگاه امیرکبیر امروزی- بود، به پایان رساند.
این مترجم توانا، سپس در دبیرستان رازی - متعلق به هیئت غیرمذهبی فرانسویان در تهران- به مدیریت موسیو «آندریو» و معاونت آقای «استوانی» و «دکتر اسماعیل رباطی» تحصیل کرد.
وی دارای مدرک کارشناسی ارشد از دانشگاه سوربن فرانسه است و از جمله فعال‌ترین مترجمان ایران معاصر در حوزه ایرانشناسی بود.
ثاقب‌فر بیشترین شمار ترجمه در زمینه تاریخ هخامنشی را در ایران دارا بوده و شماری از مهمترین منابع و مراجع اصلی در زمینه هخامشی‌پژوهی به دست او به فارسی ترجمه شد.
وی از سال ۱۳۵۶ با ترجمه کتاب جامعه‌شناسی و فلسفه امیل دورکیم وارد حوزه رسمی ترجمه شد و سال بعد برای ادامه تحصیل به دانشگاه سوربون (رنه دکارت در پاریس) رفت.
او پس از حمله عراق به ایران و آغاز جنگ در سال ۱۳۵۹، به کارشناسی ارشد بسنده کرده و دکتری را رها کرد و به کشور بازگشت. او در این زمان کتاب آگاهی آریایی که نخستین اثر تالیفی خود در حوزه فرهنگ ایران است را نوشت.
در سال ۱۳۶۴ دومین اثر خود شاهنامه و فلسفه تاریخ ایران را نوشت. در سالهای بعد به همکاری با احمد بیرشک در دانشنامه بزرگ فارسی پرداخت. در دهه ۷۰ کار در مجله دانشمند و همچنین نگاه نو را آغاز کرد و سپس بیشتر به ترجمه در زمینه تاریخ ایران باستان به ویژه دوران هخامنشی پرداخت.
از وی بیش از ۱۰۰ جلد کتاب، تألیف و ترجمه، منتشر شده است که اکثر آن‌ها جزو کتاب‌های مرجع در حوزه جامعه‌شناسی و تاریخ و فرهنگ ایران به شمار می‌آیند.
او کتاب‌های زیادی منتشر کرده بود که از جمله آن‌ها می‌توان به؛ بن‌بست‌های جامعه‌شناسی، شاهنامه فردوسی و فلسفه تاریخ ایران، سرشت فرمانروایی در ایران و مقالاتی فراوان در حوزه تاریخ و فرهنگ باستان و جامعه‌شناسی و ترجمه‌هایی چون: تاریخ هخامنشیان (14 جلد)، امپراتوری ایران (دان ناردو)، ایران باستان (یوزف ویسه هوفر)، هخامنشیان (آملی کورت)، تاریخ ایران کمبریج (۵ جلد)، ایران دوره پهلوی (لنچوفسکی)، رضا شاه و شکل‌گیری ایران نوین (استفانی کرونین)، کوروش بزرگ (ژراژ ایسرائل)، شاهنشاهی ساسانی (تورج دریایی)، شاهنشاهی اشکانی (یوزف ولسکی)، شاهنشاهی هخامنشی (جیمز مانوئل کوک)، مقالات ایرانشناسی تقی‌زاده، یونانیان و بربرها (امیرمهدی بدیع، ۳ جلد)، تاریخ هرودوت، تاریخ جهان باستان کمبریج (۶ جلد) و دین مهر در جهان باستان اشاره کرد.
ثاقب‌فر به خاطر ترجمه کتاب 15 جلدی «یونانیان و بربرها» جایزه کتاب سال را دریافت کرده است. همچنین 8 جلد از مجموعه 14 جلدی «تاریخ هخامنشیان» هم با ترجمه او منتشر شده است.
مرتضی ثاقب‌فر، نویسنده و مترجم حوزه تاریخ، دی ماه سال 1391 به علت سکته مغزی درگذشت.
برخی از آثار تالیفی:
- آگاهی آریایی
- راهنمای تألیف، ترجمه و ویرایش
- شاهنامه و فردوسی و فلسفه تاریخ ایران
- بن‌بست‌های جامعه‌شناسی
- جامعه‌شناسی و ریاضیات
- بررسی اجتماعی، اقتصادی و فرهنگ ایل کردی بلوچستان
- اصول فلسفه (از فرانسه)
- خیابان پرولتر سرخ
- روح سرمایه‌داری و اخلاق پروتستانی (از فرانسه)
- یک رمان
- گالیله، تولد فیزیک (از فرانسه)
- تاریخ پزشکی در جهان، جلد ۱ تا ۸ (از فرانسه)
- آمریکای پیش از کلمب (از فرانسه)
- تاریخ پزشکی در جهان، جلد ۸ (از فرانسه)
- خلاصه زندگینامه علمی دانشوران (از انگلیسی)
- سرزمین و مردم مجارستان (از انگلیسی)
- روان‌شناسی جدید (از فرانسه)
- رساله‌ای درباره آزادی‌ها (از فرانسه)
- جامعه‌شناسی معاصر آلمان (از فرانسه)
- فرهنگ و دموکراسی (از فرانسه)
- قدرت اراده (از فرانسه)
- چگونه بر خود مسلط شویم
- جامعه‌شناسی و فلسفه (از زبان فرانسه)
- دیباچه‌ای بر جامعه‌شناسی (از انگلیسی)
- ایدئولوژی‌های مدرن سیاسی (از انگلیسی)
- اجرای پیمان‌نامه حقوق کودک (از انگلیسی)
- هویت‌های مرگبار (از فرانسه)
- عصر عطش (از فرانسه)
- موسیو ابراهیم
- اُسکار و مادام رُز
- پسر نوح
- جهان باستان، دان ناردو (از انگلیسی)
- امپراتوری ایران، دان ناردو(از انگلیسی)
- کوروش بزرگ، ژراژ ایسرائل (از فرانسه)
- یونانیان و بربرها، امیر مهدی بدیع - جلد ۱،۴،۵ (از فرانسه)
- تاریخ ایران کمبریج (جلد ۱ و ۲، سرزمین ایران) (از انگلیسی)
- تاریخ جهان باستان کمبریج، جلد ۵، ۷، ۱۱ و ۱۲ (از انگلیسی)
- تاریخ جهان باستان کمبریج، جلد ۴ ایران هخامنشی (از انگلیسی)
- تاریخ هخامنشیان دانشگاه خرونینگن هلند - جلد ۱ تا ۱۴ (از انگلیسی و فرانسه و...)
- ایران باستان، جوزف ویزه هوفر (از انگلیسی)
- از ایران زرتشتی تا اسلام
- دائرةالمعارف دانش بشر
- ایران در دوره پهلوی، لنچوفسکی (از انگلیسی)
- رضاشاه و شکل‌گیری ایران نوین، استفان کرونین (از انگلیسی)
- شاهنشاهی ساسانی، دکتر تورج دریایی (از انگلیسی)
- شاهنشاهی اشکانی، یوزف ولسکی (از انگلیسی)
- شاهنشاهی هخامنشی، جیمز مائول کوک (از انگلیسی)
- مقالات سیاسی تقی‌زاده
- مقالات ایرانشناسی تقی‌زاده
- خودآموز بدبختی (از فرانسه)
- تاریخ هرودوت جلد ۱ و ۲ (از سه متن انگلیسی و فرانسه)
- آنگولا، بنین، فیلیپین (از انگلیسی)
- تلویزیون در خدمت مردم (از انگلیسی و فرانسه)
- دین مهر در جهان باستان (دومین کنگره مهرشناسی تهران، از انگلیسی و فرانسه)
- شهریار (از انگلیسی)
- تاریخ عمومی آفریقا، جلد ۳ و ۷ (از انگلیسی)