تا سال ۱۳۵۰ حج به شکل منسجم و نظام‌مند اداره نمی‌شد و امور حج با نظارت وزارت کشور انجام می‌گرفت و فقط کارت هایی به عنوان مجوز ثبت نام برای افرادی به عنوان حمله‌دار (مدیر کاروان فعلی) صادر می‌شد.
درسال ۱۳۵۱به موجب تصویب‌نامه هیأت وزیران، اجرای تمام امور حج از حوزه وزارت کشور خارج و به سازمان اوقاف که رئیس آن معاون نخست وزیر بود، واگذار شد.
بعد از پیروزی انقلاب اسلامی (درسال ۱۳۵۸) با تصویب شورای انقلاب، کار حج از سازمان اوقاف جدا شد و به عنوان سازمان حج و زیارت زیر نظر وزارت ارشاد قرار گرفت.
در پی آن، با مصوبه سال ۱۳۶۳مجلس شورای اسلامی، مسئله حج در شمار وظایف سازمان اوقاف درآمد و به عنوان معاونتی از سازمان حج و اوقاف و امور خیریه زیر نظر وزارت ارشاد به فعالیت ادامه داد.
در اوایل دهه ۷۰ شورای عالی اداری بار دیگر حج و اوقاف را از یکدیگر تفکیک و سازمان مستقلی را به نام حج و زیارت زیر نظر وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی ایجاد نمود، لیکن اصول حاکم بر فعالیت سازمان، همان مصوبات شورای انقلاب بود.
شورای عالی اداری در خرداد سال ۸۴ ساختار تشکیلاتی سازمان حج و زیارت را با توجه به لایحه قانونی تشکیل این سازمان، مصوب سال ۵۸ شورای انقلاب مورد بازنگری قرار داد و آن را سازمانی دولتی، مستقل و وابسته به وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی دانست که بر اساس سیاست های مصوب نظام، اندیشه‌های امام راحل (ره) و رهنمودهای مقام معظم رهبری و رییس جمهوری اداره می‌شود.
