یکی از بخش‌های مهم مغفول مانده، سیستم حمل‌ونقل عمومی درون‌شهری است که مسئله هرروزه اکثریت شهروندان به‌ویژه شهروندان تهرانی است. حکم قانون هدفمندی یارانه‌ها این است که دولت با واقعی کردن قیمت کالاها و خدماتی که قبلا برای آن یارانه پرداخت می‌کرد درآمدی کسب می‌کند که باید بخشی از این درآمد به بخش حمل‌ونقل عمومی پرداخت شود. در بسیاری از کشورهای دنیا که با نظام یارانه‌ای از نوع پیشین ایران وداع کرده‌اند و حتی کشورهای توسعه یافته، سیستم حمل‌ونقل عمومی درون‌شهری همچنان از اعتبار یارانه‌ای دولت برخوردار است. این موضوع دارای یک منطق اقتصادی قوی است.
وقتی یارانه به سیستم حمل‌ونقل عمومی پرداخت می‌شود، هزینه مسافرت شهروندان کاهش می‌یابد. با این کاهش هزینه، شهروندان ترجیح می‌دهند به‌جای وسایل نقلیه شخصی از حمل‌ونقل عمومی استفاده کنند؛ در نتیجه میزان مصرف سوخت در کشور کاهش می‌یابد و در مقابل از هزینه‌های جاری کشور کاسته می‌شود و این کمکی است به رشد اقتصادی و افزایش تولید ناخالص داخلی کشورها.
از سوی دیگر با توسعه حمل‌ونقل عمومی، ترافیک تسهیل شده و زمینه کاهش آلودگی هوا را فراهم می‌سازد که خود دارای ارزش اقتصادی است؛ چه اینکه سالانه سنگینی ترافیک و معضل آلودگی هوا در کلانشهرها هزینه سنگین اقتصادی به‌صورت مستقیم و غیرمستقیم بر جای می‌گذارد.
ایران نیز از شرایط فوق مستثنی نیست. در شرایط کنونی و پس از اصلاح، مصرف بنزین خودروهای شخصی در کشور به سطح 50 میلیون لیتر کاهش یافته که بیانگر یک کاهش 15درصدی نسبت به گذشته است. این میزان مصرف همچنان از میانگین متوسط جهانی بسیار بالاتر است. در واقع حجم عظیمی از نفت و فراورده‌های نفتی که ایران می‌تواند صادر و از طریق آن کسب درآمد کند، به‌دلیل مصرف بی‌رویه در داخل کشور هدر می‌رود. منطق ایجاب می‌کند با افزایش چندبرابری قیمت سوخت، مصرف سوخت به‌صورت معناداری کاهش یابد.
از سوی دیگر ترافیک سنگین و معضل آلودگی هوا نیز به پدیده‌ای عادی برای کلانشهرهای کشور تبدیل شده که هرکدام سالانه هزینه‌های سنگین اقتصادی بر دوش دولت و ملت می‌گذارد. البته همه اینها در گرو یک شرط مهم یعنی وجود یک سیستم حمل‌ونقل عمومی توسعه‌یافته، مجهز و گسترده است. فارغ از ملاحظات سیاسی، دولت باید با هدف موفق شدن قانون یارانه‌ها در درازمدت، سیاست خود را بر توسعه و تجهیز زیرساخت‌ها به‌ویژه حمل‌ونقل عمومی متمرکز کند و در این راستا حداقل تکالیف قانونی خود را اجرا نماید. این مهم ضامن موفقیت و تداوم اجرای قانون هدفمندی یارانه‌هاست که در بطن آن مواهب اقتصادی بسیاری نهفته است.
