در دوران ریاست صفایی‌فراهانی در فدراسیون فوتبال این داریوش مصطفوی بود که به تنهایی گروه مخالفان وی را هدایت می‌کرد چراکه عامل اصلی حذف خود را صفایی‌فراهانی می‌دانست؛ فردی که با عضویت در هیأت‌رئیسه فدراسیون فوتبال به گفته مصطفوی نقش اصلی را در برکناری‌اش ایفا کرد.
مصطفوی در گفت‌وگو 2 سال پیش خود با یکی از روزنامه‌ها به این موضوع اشاره می‌کند: «از درون دولت وقت به من فشار آوردند که استعفا دهم. اصلاً فضای خوبی نبود هر روز یک حرفی مطرح می‌کردند تا آقای فائقی یک روز نزد من آمد و گفت استعفا بده. من هم مثل دیگران که نبودم، یک کاغذ سفید را امضا کردم و به آقای فائقی دادم. گفتم هرچه می‌خواهید بنویسید.»
سیاست‌های رسانه‌ای صفایی‌فراهانی در 5 سال ریاستش در فوتبال نتوانست حامیان رسانه‌ای مصطفوی را از گرد او پراکنده کند. صغر سنی بازیکنان تیم ملی جوانان اما نقطه اعتراض دوستان مصطفوی به او بود و تمام مسئولیت آن را متوجه رئیسی می‌دانستند که جانشین مصطفوی شده است.
حضور بلاژویچ برای هدایت تیم ملی در دیدارهای مقدماتی جام جهانی 2002 بهانه‌ای شد که طرفداران مربی ایرانی، دایره حمایت‌کنندگان مصطفوی را افزایش دهند. شاید به همین دلیل بود که منتقدان صفایی‌فراهانی در کنار مدیریت منحصر به فرد وی، نقاط تاریک دوران مدیریتی‌اش را برجسته می‌کنند.
سپردن فوتبال به نامادری توسط محسن صفایی‌فراهانی در یک بعدازظهر گرم آخر تابستان، حامیان مصطفوی را به واکنش واداشت. جانشینی یک‌باره محمد دادکان، منتقد روزهای گذشته صفایی‌فراهانی باعث شد که نگاه حامیان مصطفوی به رئیس جدید فوتبال معطوف شود.
منازعه مصطفوی و دادکان به جایی رسید که از یکدیگر در دادگاه شکایت کردند و حتی دبیرکل فدراسیون محمد دادکان حکم محکومیت از دادگاه مصطفوی را گرفت تا نزاع رسانه‌ای میان روزنامه‌های طرفدار داریوش مصطفوی و سایت رسمی فدراسیون فوتبال به وجود آید. مناقشه‌ای که در نهایت با انتشار بیانیه‌ای در مورد ابهامات مالی دوران مصطفوی به نقطه اوج رسید.
داریوش مصطفوی که در گفت‌وگو با یکی از خبرنگاران نزدیک به خود گفته بود، روزی به فوتبال بازمی‌گردد، با برکناری محمد دادکان طی جدالی سخت با سازمان ورزش، به یک باره پس از جلسه‌ای یک ساعته با محمد علی‌آبادی در فدراسیون فوتبال ظاهر شد.
مصطفوی همان طور که می‌گفت من کارهای خارق‌العاده زیادی انجام داده‌ام، در نقش یک پیشگو هم، حضور دوباره‌اش در فوتبال را پیش‌بینی کرده بود. مأموریت مصطفوی به گفته بسیاری از اهالی فوتبال مذاکره با فیفا برای رفع تعلیق فوتبال ایران بود اما با تعلیق رسمی فوتبال ایران توسط فیفا پس از منازعه‌ای سخت عملاً به حاشیه رانده شد تا معاونین علی‌آبادی در جلسات مختلف با سران فیفا طی یک موافقت‌نامه استقرار کمیته تعدیل یا عادی‌سازی شرایط فوتبال ایران را بپذیرند.
فیفا اما در رأس کمیته انتقالی فدراسیون فوتبال فردی را گمارد که هماورد داریوش مصطفوی در دوران ریاستش در فدراسیون فوتبال بود. همان‌طور که پیش‌بینی می‌شد خیلی زود مصطفوی و صفایی‌فراهانی در میدان منازعه روبروی هم قرار گرفتند.
صفایی فراهانی در جلسات کمیته انتقالی خواستار برکناری یا تعدیل نقش مصطفوی در فدراسیون فوتبال شد که سازمان ورزش هیچ‌گاه آن را نپذیرفت و گفت‌وگو با ایسنا پاسخی بود به برکنار نکردن مصطفوی. یک مقام آگاه در سازمان ورزش می‌گوید: «صفایی فراهانی نه‌تنها عزل مصطفوی را می‌خواهد بلکه می‌گوید باید ساختار فدراسیون فوتبال عوض شود.
این در حالی است که فلسفه وجودی کمیته انتقالی تدوین اساس‌نامه و برگزاری انتخابات است نه دخالت در جزیی‌ترین امور فدراسیون فوتبال.» در سکوت داریوش مصطفوی، حامیان وی با عنوان «انجمن طرفداران فوتبال ایران اروپا، آمریکا و کانادا» در نامه‌ای سرگشاده به بن‌همام رئیس AFC خواستار عزل صفایی‌فراهانی شدند.
این انجمن که به گفته منابع نزدیک به مصطفوی از حامیان دبیرکل موقت هستند دلایل مخالفت خود با فراهانی را به بن‌همام این‌گونه مطرح می‌کنند: «آقای محسن صفایی به عنوان یک عضو فعال در صحنه سیاسی ایران بدون تجربه و سابقه مدیریتی در فوتبال به سمت ریاست فدراسیون فوتبال ایران انتخاب شدند.»
این انجمن در بخش دیگری از نامه خود می‌نویسد: «با توجه به ناکامی‌هایی که در دوران صفایی نصیب فوتبال ما شده است، حضور مجدد ایشان خاطرات تلخی را برای ما زنده می‌کند.» این انجمن در پایان نامه خود خواستار آن شده‌اند که با تجدیدنظر در انتخاب صفایی فراهانی به فوتبال ایران کمک شود.
منابع مختلف خبری هوشنگ مقدس از دوستان نزدیک مصطفوی را عامل اصلی انتشار نامه هواداران دبیرکل موقت عنوان می‌کنند که او در گفت‌وگو با همشهری ورزشی با تکذیب این خبر گفت: «من چنین کاری را انجام ندادم. مصطفوی دوست من است و همیشه به او کمک می‌کنم اما این دلیل نمی‌شود که چنین کاری را انجام دهم.»
هوشنگ مقدس در پاسخ به این سئوال که برای کمک به مصطفوی چه اقداماتی را انجام داده‌اید گفت: «آخرین باری که با او گفت‌وگو کردم زمانی بود که تیم ملی در دبی حضور داشت. برای این‌که مصطفوی رئیس فدراسیون شود هر کاری می‌کنم چون به او اعتقاد دارم.»
مقدس در بخش دیگری از گفت‌وگوی خود با همشهری ورزشی با اشاره به اقدامات صفایی فراهانی در دوران ریاستش در فدراسیون فوتبال گفت: «آقای مصطفوی مدیر موفقی هستند اما ایشان هیچ‌گاه در فوتبال موفق نبودند. موضوع صغر سنی در زمان وی باعث آبروریزی فوتبال کشور شد. مصطفوی هیچ‌گاه از این مشکلات نداشت، او تیم را به جام جهانی برد. صفایی‌فراهانی در این راه هم موفق نبود.»
وی هرگونه اقدام برای حذف صفایی‌فراهانی را رد کرد و گفت: من قطعاً به نفع صفایی‌فراهانی کار نمی‌کنم اما برای مصطفوی بله. همان‌طور که پیش‌بینی می‌شد، مناقشه اصلی سازمان ورزش با 3 عضو کمیته انتقالی منتخب فیفا بر سر حدود اختیارات اجرایی تحت فرمان داریوش مصطفوی است؛ موضوعی که با توجه به این بخش که حفظ مصطفوی توسط سازمان به نوعی مقابله و به چالش کشیدن صفایی‌فراهانی است، تا رسیدن به نتیجه قابل قبولی برای دو طرف ادامه دارد. یک فرد نزدیک به علی‌آبادی در مورد علت مخالفت صفایی‌فراهانی با مصطفوی می‌گوید: «کاری به پیشینه‌اش نداریم.
صفایی‌فراهانی تعویض کادر اجرایی فدراسیون را می‌خواهد. موضوعی که هیچ گاه توافق ما و فیفا نبود. به نظر می‌رسد صفایی‌فراهانی از این‌که در کمیته انتقالی حضور پیدا کرده پشیمان شده چراکه با مخالف‌خوانی خود فضا را تاریک می‌کند.»
صف‌بندی 3 عضو سازمان مقابل 3 عضو منتخب فیفا قطعاً یک قربانی به‌دنبال خواهد داشت؛ فوتبال ایران.
