وی در سال 1316 هنگام قیام مردم تبریز به اتفاق پدرش، به خاطر مبارزه، به تهران تبعید شد و پس از چند ماه تبعید در تهران و ری به تبریز بازگشت.
آیت‌الله قاضی طباطبایی در سال 1318 جهت ادامه تحصیل علوم دینی به قم عزیمت کرد و درسال 1328 راهی نجف شد و در این دو شهر از محضر علما و بزرگان کسب فیض نمود.
شهید قاضی طباطبایی در سال 1341، با شروع نهضت اسلامی، به علت فعالیت علیه رژیم، توسط مأموران دستگیر و به زندان قزل قلعه منتقل و سپس به شهرهای بافت و کرمان و زنجان و پس از آن به عراق تبعید شد. ولی پس از یک سال به ایران بازگشت و به هدایت مردم و روشنگری و تبلیغ اسلام پرداخت و تا پیروزی انقلاب اسلامی به مبارزات خود و ارشاد مردم ادامه داد.
شهید قاضی طباطبایی اولین شهید محراب در دهم آبان 1358 شمسی، مصادف با عید قربان، نماز عید را اقامه کرد و در همان شب در راه مراجعت به منزل توسط منافقین مورد اصابت گلوله قرار می‌گیرد و به فیض شهادت نایل می‌شود.
فردای آن روز هم بنیانگذار جمهوری اسلامی[ امام خمینی ره] پیام تسلیتی صادر کردند.
در پیام ایشان آمده بود: ملت عزیز و برومند ایران و آذربایجانیان غیرتمند عزیز باید در این مصیبت‌های بزرگ که نشانه شکست حتمی دشمنان اسلام و کشور و عجز و ناتوانی و خود باختگی آنان است، هرچه بیشتر مصمم و در راه هدف اعلای اسلام و قرآن مجید بر مجاهدات خود افزوده و از پای ننشینید تا احقاق حق مستضعفین از جباران زمان بنمایند.
عزیزان من در انقلابی که ابر قدرت‌ها را به عقب رانده و راه چپاولگری آنان را از کشور بزرگ بسته است، این ضایعات و ضایعات بالاتر اجتناب‌ناپذیر است.
ما باید از کنار این وقایع با تصمیم و عزم و خونسردی بگذریم و به راه خود که راه جهاد فی سبیل‌الله است، ادامه دهیم. شهادت در راه خداوند، زندگی افتخارآمیز ابدی و چراغ هدایت برای ملت‌هاست.
ملت‌های مسلمان از فداکاری مجاهدین ما در راه استقلال و آزادی و اهداف توسعه اسلام بزرگ الگو بگیرند و با پیوستن به هم سد استعمار و استثمار را بشکنند، تاپیش به سوی آزادگی و زندگی انسانی بروند.
