اما در همین حال، اطلاعاتی وجود دارد که لشکر طیبه را برای نخستین‌بار عبدالله عزام فلسطینی‌تبار اهل اردن تأسیس کرده است.
عبدالله عزام ریاست دفتر خدمات عرب در پیشاور را در دوره اشغال افغانستان به‌وسیله ارتش سرخ شوروی سابق داشت که از طریق آن کمک‌های اعراب به مجاهدین افغان را سازماندهی می‌کرد.
بعد از ترور عبدالله عزام، تشکیلات وی به اسامه بن لادن رسید که بعدا سازمان القاعده را تأسیس کرد. در زمان اعلام موجودیت القاعده در خوست افغانستان، لشکر طیبه یکی از 7 گروه اسلامی بود که در نشست خوست حضور داشت.
در این خصوص که پیوندهای لشکر طیبه با سازمان القاعده چیست، واقعیت آن است که پیوندهایی قابل تصور است اما اینکه در چه سطحی است، اطلاعات قابل اتکایی وجود ندارد.
همچنان که این باور هند که لشکر طیبه ساخته دست آی‌اس‌آی بخش امنیتی ارتش پاکستان است نه قابل اثبات است و نه به‌طور کلی می‌توان آن‌را رد کرد.
درمورد کارکرد لشکر طیبه تقریبا تردیدی وجود ندارد که عملیات بزرگ بسیار مهمی در هندوستان انجام داده است و هند آن‌را یک گروه چریکی کشمیری می‌شناسد که هدف اصلی‌اش تجزیه کشمیر از هند و الحاق آن به پاکستان است.
ضمن پیوند لشکر طیبه با القاعده از زمانی که پرویز مشرف، رئیس‌جمهوری سابق پاکستان در سال 2001 بعد از ساقط کردن حکومت طالبان به‌وسیله آمریکا تغییر جهت داد، و بنا به درخواست مشترک آمریکا و هندوستان، لشکر طیبه و جنبش محمد را گروه‌های تروریستی اعلام کرد و فعالیت آنها را در پاکستان ممنوع اعلام کرد، قوی‌تر شده است زیرا مولانا الیاس کشمیری، رهبر معنوی لشکر طیبه به مناطق قبایلی پاکستان رفت و در کنار رهبران القاعده و گروه طالبان افغانستان قرار گرفت. بعدا عبدالجبار، رهبر جیش محمد هم به مولانا الیاس کشمیری در وزیرستان شمالی پیوست.
علاوه بر این، لشکر طیبه در زمان تأسیس کنفرانس حریت کشمیر که از 33 گروه کشمیری با خط‌مشی‌های رادیکال تا میانه‌رو را در خود داشت پیوست ولی هنگامی که رهبران کنفرانس حریت کشمیر به‌طرف مذاکره با هند و پاکستان گرایش پیدا کردند، لشکر طیبه و جیش محمد راه خود را جدا کردند.
عملکرد شورای جهادی آنگاه برملا شد که لشکر طیبه یک هواپیمای مسافربری هندی را که در مسیر دهلی‌نو از کاتماندو پایتخت نپال در حال پرواز بود ربود و به قندهار برد و در آنجا در یک معامله نه‌چندان پنهان با هند مولانا الیاس را که در زندان هندی‌ها بود آزاد کرد و به قندهار آورد.
در آن زمان هندی‌ها عامل اصلی ربودن هواپیمای مسافربر هندی را حفیظ محمد سعید رهبر کنونی لشکر طیبه اعلام کردند و از پاکستان خواستار تحویل او شدند که البته پاکستان به این تقاضا توجهی نکرد.
دومین عملیات مهم لشکر طیبه در سال 2001 در دهلی‌نو بود تا چریک‌هایش در لباس نیروهای امنیتی هند تا درب اصلی سالن اجتماعات پارلمان هند پیش‌رفتند و قرار بود به جلسه مشترک هیأت دولت و اعضای مجلس حمله کنند که هوشیاری یک افسر امنیتی باعث ناکام ماندن عملیات آنها شد.
دولت هند، لشکر طیبه را مسئول دانست و انگشت اتهام خود را به‌طرف آی‌اس‌آی پاکستان نشانه گرفت. بعد از ممنوعیت فعالیت‌های لشکر طیبه در پاکستان، این گروه چریکی علیه هند، آمریکا و اسرائیل رسما اعلام جهاد کرد.
ازهمین‌رو چنین تصور شده است که از این زمان به بعد لشکر طیبه با القاعده هماهنگ‌تر شده و علاوه بر کشمیر، اهداف جهانی نظیر القاعده برای خود تعریف کرده است.
آنطور که گفته شده است ابوزبیده یکی از رهبران القاعده در فیصل‌آباد پاکستان در خانه یکی از اعضای لشکر طیبه بازداشت شد و بیشتر اندونزیایی‌هایی که در پاکستان بازداشت شدند از جمله برادر حمبلی در خانه‌های امن لشکر طیبه بازداشت شده‌اند.
در مواردی نیز ادعا شده است که گروه موسوم به جهاد ویرجینیا که در آمریکا قصد انجام عملیات خرابکاری داشته‌اند و 2 نفر از آنها بازداشت شدند، اعتراف کرده‌اند که عضو لشکر طیبه بوده و در پاکستان آموزش‌های لازم را فراگرفته‌اند.
اگر این اطلاعات درست باشد می‌توان گفت که لشکر طیبه بعد از سازمان القاعده دومین گروه رادیکال و جهادگر از نظر باورهای خودش است که فعالیت‌های خود را از سطح کشمیر هند فراتر برده و برای خود رسالتی جهانی قائل شده است. اما پرسشی که پاسخ روشنی برای آن وجود ندارد این است که لشکر طیبه تا چه اندازه با آی‌اس‌آی پاکستان مرتبط است.
عملیات اخیر در بمبئی هند از آنچنان دقت، سرعت و سازماندهی برخوردار بود که هندوستان را به‌صورت جدی به این باور رساند که لشکر طیبه از حمایت آی‌اس‌آی برخوردار است.
اگر برداشت هند درست باشد که البته دولت پاکستان قاطعانه آن را رد می‌کند، آنگاه می‌توان لشکر طیبه را به‌رغم ممنوعیت فعالیت‌هایش در پاکستان و به رغم شناسایی آن به‌عنوان یک گروه تروریستی در ردیف گروه طالبان افغانستان در نظر گرفت و گفت: آی‌اس‌آی در پی‌گیری اهداف استراتژیک پاکستان برای پیشروی و نفوذ در کشمیر هند و افغانستان هر دو دو بازوی اجرایی ایجاد کرده است.
طالبان در افغانستان همان نقش و کارکردی را می‌باید داشته باشند که سازمان‌های متعدد کشمیری ازجمله لشکر طیبه و جیش محمد. سیاست دوگانه پاکستان که تاکنون امکان تداوم داشته است و از یک طرف متحد آمریکا در مبارزه علیه تروریسم بوده و از طرف دیگر آی‌اس‌آی ارتباطات پنهان خود را با القاعده طالبان و لشکر طیبه حفظ کرده است بی‌ارتباط با همین واقعیت نیست.
کارکرد طالبان در افغانستان و لشکر طیبه در هند از نظر استراتژیست‌های آی‌اس‌آی آن است که وسیله نفوذ پاکستان را در کشمیر تحت کنترل هند و درنهایت تجزیه آن و الحاق به پاکستان تسهیل نمایند و کارکرد طالبان احیای نفوذ ازدست رفته پاکستان در افغانستان است.
منتها عملیاتی بمبئی معادلات را به زیان پاکستان می‌تواند برهم بزند. پوشش مناطق قبایلی که آی‌اس‌آی برای گروه‌های رادیکال اسلامی به‌وجود آورده است درحال رنگ باختن است و پاکستان را در معرض خطر جنگ با هند و آمریکا قرار داده است.
عملیات منسوب به لشکر طیبه در بمبئی احتمالاً پیامدهای منفی گسترده‌تری از آنچه هم‌اکنون قابل ردیابی است برای پاکستان خواهد داشت و اگر ارتش هند را به درخواست آمریکا به افغانستان بکشاند،پاکستان در موقعیتی مشابه زمان تغییر جهت پرویز مشرف و پس کشیدن ظاهری از طالبان قرار خواهد گرفت و اگر به‌موقع عمل نکند و ارزیابی درستی از شرایط تحول جهانی نداشته باشد ممکن است با خطر دخالت نظامی گسترده آمریکا و هند و تجزیه روبرو شود.
لشکر طیبه با اتهام بزرگ‌تری از دخالت در عملیات تروریستی در هند روبروست و اگر قول یک محقق افغان «عارف» را معتبر بدانیم، لشکر طیبه به‌نوعی با بحث هسته‌ای در پاکستان مرتبط دانسته شده است.
حفیظ محمد سعید از انتقال تکنولوژی هسته‌ای پاکستان به کشورهای دیگر اسلامی در اظهارات علنی‌اش دفاع کرده است و آقای عرفان بر این باور است که عبدالقدیرخان دانشمند هسته‌ای پاکستان به لشکر طیبه گرایش دارد و در سال 2001 به‌همراه سلطان بشیرالدین محمود متخصص پلوتونیوم که گویا با بن لادن دیدارهایی داشته است، مهمان ویژه این گروه بوده است.
احتمالاً قطع نظر از صحت و سقم این‌گونه ادعاها، آمریکا و هند از این موضوع استفاده می‌کنند تا به بهانه نیفتادن سلاح‌های هسته‌ای پاکستان به‌دست رادیکال‌های اسلامی نظیر لشکر طیبه این کشور را همچنان تحت فشار مضاعف خود نگاه‌دارند.
