او تا عصرپنجشنبه هفته پیش که سمت معاون اولی محمود احمدی‌نژاد را در اختیار گرفت حواشی بسیاری را در سازمان میراث فرهنگی و گردشگری ایجاد کرد.
ماجرای موضع‌گیری‌ها و اظهارنظرهای عجیب او درباره موضوعاتی که همواره و در طول حیات
30 ساله نظام، دارای حساسیت و اهمیت است از یک سو و اتفاقات ناخوشایندی که در حوزه پاسداری از میراث فرهنگی و تاریخی ما افتاده از سوی دیگر سبب شد که عملکرد او بارها از سوی افراد و جریان‌های مختلف با انتقاد و سرزنش روبه‌رو شود؛ هرچند که این رفتار در بیشتر مواقع با حمایت وپشتیبانی رئیس دولت نهم همراه بود.
در این باره داستان جنجالی آبگیری سد سیوند که همه دلسوزان میراث فرهنگی را نگران کرد یکی از مهم‌ترین اتفاقاتی بود که در دوران ریاست رحیم مشایی بر این سازمان پرسش‌برانگیز شد.
این سد به‌رغم تردید و ابراز نگرانی کارشناسان در نخستین سال فعالیت دولت نهم آبگیری شد، این در حالی بود که پس از آن مسئولان سازمان میراث فرهنگی اعلام کردند که براساس اطلاعات علمی 800سال طول می‌کشد تا محوطه باستانی حاشیه سد به خاطر نم تخریب شود!
اما ظاهرا تهدید دست از سر کوروش و آرامگاهش بر نمی‌داشت تا اینکه درسال گذشته تصاویری از سوی خبر گزاری مهر منتشر شد که نشان می‌داد بازسازی آرامگاه کوروش به سقف و پیکره بنا آسیب رسانده است! هرچند که بعدها این موضوع نیز تکذیب شد.
تکه سنگ‌های خرد شده سقف آرامگاه در تصاویر خبر از تخریبی می‌داد که اساسی نشان می‌داد و گویا دلیل آن کارنابلدی کارگران و مرمتگران این بنای تاریخی بود.
تا اینکه سومین ماجرا رخ داد و اعلام شد که براساس مصوبه اخیر شورای‌عالی اداری، سازمان حج و زیارت از وزارت فرهنگ و ارشاد منتزع و به سازمان میراث فرهنگی و گردشگری وابسته شده است.
این جابه‌جایی البته موافقان و مخالفان فراوانی داشت. موافقان معتقد بودند از آنجا که وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی عملا در ساز و کار مدیریت دریافت پول و اعزام حجاج نقشی ندارد باید آن را به سازمان میراث فرهنگی و گردشگری که متولی مسافران است منتقل کند اما مخالفان با اشاره به پراکندگی و تشتت در مدیریت‌های سازمان عریض و طویل میراث بر این گمان بودند که بهتر است میراث به نگرانی‌های متبوعش سامان دهد.
با تمام این تفاسیر این جابه‌جایی چند روزه با هزینه‌های روانی بسیار سرانجام با نظر رهبری به پایان رسید.
اما امروز حمید بقایی که 4سال قبل همراه اسفندیار رحیم مشایی، رئیس سابق سازمان میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری به‌عنوان قائم مقام این سازمان وارد عرصه فعالیت میراث فرهنگی و گردشگری شد جانشین مشایی شده است.
