پس از آنکه مجلس با منابع 8500میلیارد تومانی پیش‌بینی‌شده برای اجرای لایحه هدفمند کردن یارانه‌ها - که در لایحه بودجه 88 پیش‌بینی شده بود - مخالفت کرد، دولت ملزم شد رقم 8500میلیارد تومان کسری بودجه را طی اجرای بودجه از طریق کسر از اعتبارات جاری و عمرانی رفع کند، اما اقدام دولت در کاهش سلیقه‌ای بودجه تعدادی از دستگاه‌ها موجب اعتراض آنها شد.
در نهایت مجلس نیز در اعتراض به اقدام دولت، طرح دوفوریتی‌ای را تصویب کرد که براساس آن دولت موظف شد 6500میلیارد تومان از 8500میلیارد تومان کسری را از طریق کاهش بودجه عمرانی و 2هزار میلیارد تومان را نیز از محل کاهش یکسان ردیف‌های بودجه جاری تامین کند.
اما در این طرح، بر مستثنی شدن برخی دستگاه‌ها چون مجلس، قوه قضاییه، شورای نگهبان، مجلس خبرگان و دستگاه‌های تابعه آنها از کاهش بودجه تاکید شده است. بدین ترتیب، دولت موظف شده که 2هزار میلیارد تومان کسری بودجه را به‌طور یکسان از ردیف‌های بودجه جاری به استثنای دستگاه‌های فوق‌الذکر تامین کند.
این حکم قانونی در اجرا موجب ایجاد تبعیض در ابلاغ بودجه دستگاه‌ها شده است. مثلا در حالی که بودجه هزینه‌ای مجلس در سال 88 با لحاظ قانون اصلاحیه ذکرشده نسبت به بودجه مصوب سال گذشته 92درصد و بودجه سازمان بازرسی 95درصد رشد کرده، بودجه استان‌ها 2/4درصد کاهش پیدا کرده است.
از سوی دیگر، بودجه وزارت آموزش و پرورش، وزارت رفاه، سازمان تامین اجتماعی نیروهای مسلح، بنیاد شهید، صدا و سیما و وزارت بهداشت نسبت به ابلاغ اولیه قانون بودجه سال 88 کاهش پیدا کرده است. همچنین از اعتبار یارانه‌ها بیش از 74میلیارد تومان کسر شده است.
