او از خاندان قدیم مستوفیان قزوین است که نسبش با 14 پشت به حربن یزید ریاحی می‌رسد که در زمان معتصم عباسی در قزوین ساکن شده و دارای شغل دیوانی بوده‌اند.
دوران کودکی و نوجوانی حمدالله چندان مشخص نیست ولی ظاهرا وی در زادگاه خود به کسب علم و دانش پرداخته و از نوجوانی سرایش اشعار خویش را آغاز کرده است. حمدالله مستوفی در جوانی علیرغم علاقه فراوان به تاریخ و جغرافیا و شعر و ادب، همانند اسلاف خویش جذب مشاغل دیوانی گشت.
حمدالله مستوفی از نویسندگان خواجه رشیدالدین فضل الله به سمت مستوفی زنجان، ابهر و طارم منصوب شد و پس از قتل خواجه، به دستگاه وزارت خواجه غیاث الدین محمد فرزند او راه یافت.
این نویسنده از جوانی شوق مفرط به تحصیل اطلاعات تاریخی، جغرافیایی داشت بویژه در دستگاه خواجه رشیدالدین فضل الله که مرکز اجتماع دانشمندان بود از محضر آنان استفاده می‌کرد.
این مورخ جلیل القدر از شعرا و منشیان مطلع زبان فارسی و از علاقه مندان به وطن خود ایران بود و از جوانی علاقه فراوانی به گردآوری اطلاعات تاریخی و مباحثه با فضلا و دانشمندان داشت و اغلب در مجالس و محافل علمی و ادبی شرکت می جست.
از وی 3 کتاب معتبر فارسی در تاریخ و جغرافیا و ادب فارسی (نظم و شعر) باقی مانده است.
اولین کتاب مهم وی تاریخ گزیده بود که در سال ۷۳۰ قمری آن را به خواجه غیاث الدین محمد تقدیم و به نام وی تألیف نمود. این کتاب تاریخ عمومی عالم از بدو خلقت آدم تا زمان صدارت خواجه غیاث الدین محمد است و مؤلف ضمن خلاصه کردن کتاب جامع التواریخ خواجه رشیدالدین و گردآوری اطلاعاتی از مورخین عصر خویش،اطلاعات مهمی درخصوص تاریخ دانشمندان و ادبای عرب و ایرانی و تاریخ و جغرافیا و بزرگان وطن خود قزوین را به آن افزوده است.
او سپس کتاب تاریخ گزیده را که شامل منتخبی از جامع التواریخ رشیدی است به همراه اضافاتی از خود، تالیف کرد که این کتاب نیز در سال 729 هجری به پایان رسید.
در اواخر عمر منظومه ظفرنامه را که به وزن بحر متقارب و شامل 75 هزار بیت در تاریخ ایران از ابتدای اسلام تا عصر خویش بود، آغاز و در سال 741هجری تقریر آن را به پایان رساند.
وی در این کتاب به تشریح جغرافیای کشور ایران پرداخته و در توصیف جغرافیای اقتصادی ایران بیشتر از دفاتر مالیاتی دولت ایلخانان، که باسمت مأمور عالی مقام مالیاتی بدان دسترسی داشته، استفاده کرده است. مستوفی در این کتاب شرایط طبیعی و وضعیت کشاورزی هر شهر و روستا را به دقت توضیح داده است و علاوه بر آن بطور جداگانه به توصیف رودخانه ها و مجاری و نهرهای آبیاری و معادن و راههای کاروان رو پرداخته است.
این کتاب علاوه بر جغرافیا مشتمل بر هیات، تاریخ طبیعی و فصلی در عجایب عالم است که از کتب نفیس تاریخی قرن هشتم هجری محسوب می‌شود.
وی باتألیف 3 کتاب یاد شده نام درخشانی از خود را در تاریخ و فرهنگ ایران برجای گذاشت. این ادیب وطن‌پرست به گونه‌ای تلویحی به مقابله با اشغالگران مغول نیز برخاسته و جنایات آنان را در کشور ایران تشریح نموده است.
حمدالله مستوفی در سال 750 قمری وفات یافت، آرامگاه این عالم بزرگوار در شهر قزوین قرار دارد و از اماکن مورداحترام اهالی این شهر به حساب می‌آید.