سید جعفر شهیدی دوران تحصیل ابتدایی و اندکی از متوسطه را در بروجرد و سپس ادامه آن را در تهران به انجام رساند. شهیدی در سال 1320 برای تحصیل علوم دینی و فقه و اصول راهی نجف شد و تحصیلات حوزوی را در شهر نجف تا حد رسیدن به درجه اجتهاد ادامه داد و پس از آن چند سالی در قم از محضر آیت‌الله بروجردی و بسیاری از مراجع و عالمان دین استفاده کرد.
دکتر شهیدی نویسنده، مترجم، پژوهشگر، چهره ماندگار و شاگرد علامه دهخدا، بعد از آن در لغت‌نامه با علامه دهخدا و دکتر معین همکاری نموده و ادامه تحصیل آکادمیک خود را در رشته زبان و ادبیات پارسی تکمیل و از محضر استاد جلال همایی، دکتر بدیع‌الزمان فروزانفر استفاده کرد و سرانجام در سال 1340 با اخذ درجه دکترای زبان و ادبیات پارسی در دانشگاه تهران مشغول به تدریس شد.
سید جعفر شهیدی پس از درگذشت دکتر معین، بر کرسی ریاست موسسه لغت نامه دهخدا تکیه زد.
یکی از آثار برجسته و ماندگار دکتر شهیدی، ترجمه و تفسیر نهج‌البلاغه است که این ترجمه شیوا و تفسیر روان در سال 1369 به عنوان کتاب سال شناخته شد.
دکتر سید جعفر شهیدی درجه دکترای افتخاری را از دانشگاه پکن دریافت کرده و در سال 1374 نیز موفق به دریافت بالاترین نشان درجه یک علمی از ریاست جمهوری اسلامی ایران گردید.
درحال حاضر از استاد شهیدی، کتابخانه‌ای ۳۰ هزار جلدی در نارمک تهران به یادگار مانده است. دکتر شهیدی در سال ۱۳۷۴ منزل مسکونی خود در نارمک تهران را به شهرداری تهران واگذار کرد و این خانه در همان سال به کتابخانه عمومی دکتر شهیدی تبدیل شد و پس از درگذشت دکتر شهیدی، اتاقی در این کتابخانه به موزه نگهداری برخی آثار استاد اختصاص داده شد.
از مهمترین آثار ارزشمند دکتر شهیدی، تألیف کتاب مهدویت در اسلام ، تالیف کتاب جنایات تاریخ، چراغ روشن در دنیای تاریک ( یا زندگانی امام سجاد) ،در راه خانه خدا ، شرح لغات و مشکلات دیوان انوری، تاریخ تحلیلی اسلام، تاریخ تحلیلی اسلام تا پایان امویان، زندگانی حضرت فاطمه (ع)، آشنایی با زندگانی امام صادق(ع)، جامعه‌الامام الصادق، زندگانی علی بن الحسین (ع) و ستایش و سوگ امام هشتم در شعر فارسی می باشد.
برخی از کتاب‌های استاد شهیدی به زبان‌های مختلف از جمله عربی ،اردو، انگلیسی، فرانسه، استانبولی، ترکی آذربایجانی و ژاپنی ترجمه شده است.