اما از آنجا که فقها و محدثان همعصر او ایشان را به درستی در حدیث و راستگویی در نقل روایت می‌ستودند، «صادق» را برایشان برگزیدند.
نویسندگان شیعی به اتفاق معتقدند که والی مدینه از سوی منصور عباسی امام را به وسیله زهر مسموم کرد. چنانکه ابن‌شهر آشوب در «مناقب» نوشته است:«ابوجعفر، منصور او را زهر خورانید.» مورخان شیعه و سنی اتفاق نظر دارند که سال وفات امام، 168 هجری است. آنچه از پی می‌آید، درسی است از گفتار،کردار و پندار آن بزرگوار.
«آن سلطان ملت مصطفوی، آن برهان حجت نبوی، آن عالم صدیق، آن عالم تحقیق، آن میوه دل اولیا، آن گوشه جگر انبیا، آن ناقل علی، آن وارث نبی، آن عارف عاشق ابومحمد جعفر صادق.»
اگر روزگاری هیبت و حشمتی در چشم ادراک بزرگی پیدا شود، بیهوده نیست، چراکه هر چیزی برای گوینده همواره ناظر بر مراتب احوال و مقامات اوست. در شناخت بسیاری از پدیده‌ها این روش بسیار کارگشاست. اوصافی که در بالا برای امام صادق(ص) ذکر شده، از چشم ادراک «عطار» نیشابوری است.
عطار که مذهب اهل سنت داشت، در جماعتی از دوستانش رغبتی تمام به سخنان عارفان می‌دید و ازآن‌رو که خود میلی عظیم به مطالعه احوال و سخنان ایشان داشت، دست به تألیف «تذکره‌الاولیا» زد. این کتاب چنانکه نامش حکایت می‌کند، کتابی است درباره سرگذشت، احوال، مقامات، کرامات، سخنان و اندیشه عارفان بزرگ.
هر بخش کتاب به یکی از بزرگان و عرفا اختصاص دارد. کتاب دارای 72 بخش است. نخستین این بزرگان، امام جعفرصادق(ص) و آخرینش منصور حلاج است. بررسی این بخش‌بندی و چگونگی آن‌را در زبان خود، عطار می‌یابیم. او کتاب را به صادق ابتدا می‌کند تا تبرک یابد، چراکه او «قدوه جمله مشایخ است و مقتدای مطلق است و همه محمدیان را امام است»:
«گفته بودیم که اگر ذکر انبیا و صحابه و اهل بیت کنیم، یک کتاب جداگانه می‌باید، و این کتاب شرح حال این قوم خواهد بود. از مشایخ، که بعد از ایشان بوده‌اند اما به‌سبب تبرک در صادق، ابتدا کنیم، که او نیز بعد از ایشان بوده است و چون از اهل بیت بیشتر سخن طریقت او گفته است، و روایت از او بیش آمده، کلمه‌ای چند از آن حضرت بیارم که ایشان همه یکی‌اند.
چون ذکر او کرده آمد، ذکر همه بود. نبینی که قومی که مذهب او دارند، مذهب دوازده امام دارند، یعنی یکی دوازده است و دوازده یکی. اگر تنها صفت او گویم به زبان عبارت من راست نیاید، که در جمله علوم، و اشارات و عبارات بی‌تکلف به کمال بود.
و قدوه جمله مشایخ بود، و اعتماد همه بر او بود، و مقتدای مطلق بود و همه الهیان را شیخ بود، و همه محمدیان را امام بود، هم اهل ذوق را پیشرو بود و هم اهل عشق را پیشوا. هم عباد را مقدم و هم زهاد را مکرم. هم در تصنیف اسرار حقایق، خطیر بود و هم در لطایف اسرار تنزیل و تفسیر، بی‌نظیر.»
شرح اوصاف امام صادق(ع) از زبان عطار نیشابوری در کتابی که حسب حال عارفان بزرگ است، جای بسی تأمل دارد. شیخی که اهل مذهب تسنن است، چگونه می‌شود که برای تبرک، کتاب خود را با صادق آل رسول آغاز کند؟ با این احوال که اولیایی چون امام شافعی، احمد حنبل و ابوحنیفه را در «تذکره الاولیا» در مرتبه‌ای بعدتر قرار داده است.
سر این ترتیب در زبان و بیان او هست «چراکه او همه محمدیان را امام بود». نه‌تنها عطار نیشابوری بلکه بزرگان اهل سنت و جماعات بسیاری از روزگار وی تا امروز، او را به کرامت خلق، دانش فراوان، بخشش بسیار و عبادت طولانی ستوده‌اند. ابن شهرآشوب به اسناد خود از فقیه مدینه، مالک پسر انس روایت می‌کند: «از جعفر بن محمد در فضل و علم و پارسایی برتر ندیدم. یا روزه بود، یا نماز می‌خواند، یا ذکر می‌گفت.
از بزرگان و اکابر و زاهدان بود و از آنان که از پروردگار می‌ترسند، بسیار حدیث، نیکو محضر و پرفایده بود. چون «قال رسول الله» می‌گفت رنگش دگرگون می‌گشت.» شهرستانی در ملل و نحل می‌نویسد: «جعفر بن محمد الصادق دارای علمی بسیار و ادبی کامل بود. زهد و پارسایی داشت. نه گرد مهتری گردید و نه بر سر خلافت با کسی به جنگ برخاست. آن که در دریای معرفت شنا کند، در شط نمی‌افتد و آن‌که به اوج حقیقت رسد از فرود آمدن نمی‌ترسد.»
این چند گواهی، اندکی از بسیار است تا روشن شود که امامان شیعه جز در نگاه گویندگان شیعی بزرگ نیستند و قدر و منزلت آنان تنها در دیده شیعیانشان بزرگ نیست، چراکه هر آن‌که علمی و بصیرتی داشته در برابر آن‌که دارای بصیرت و علم بیشتر و فزون‌تر است، فروتن است.
زیست‌بوم فرهنگی ما شیعیان چنان شکل گرفته که در مقام برخورد با امامان، خود پاره‌ای از پدیده‌ها را جایگزین پدیده‌های دیگر کرده‌ایم. آن‌چنان‌که اهمیت یکی در مقایسه با دیگری به چشم نمی‌آید. گاه ما بیش از آن‌که کلام امامان خود را بشنویم و آنچه را که شنیده‌ایم بفهمیم و آنچه را که فهمیده‌ایم به‌کار بریم، بر آنان گریسته‌ایم، و بیش از آن‌که هریک را در جای و شأن خود ببینیم، از مرتبه و مقامش پایین کشیده‌ایم. حضرت امام صادق(ع) از این قاعده مستثنی نبوده است.
تاکنون اندیشیده‌اید که چرا ما شیعیان را پیروان مذهب جعفری می‌خوانند؟ چرا در میان امامان دوازده‌گانه ما مذهب شیعه به ایشان انتساب یافته است؟ مگر امام جعفر صادق(ع) ششمین امام شیعه نیست؟ از چه روست که این مذهب را حسنی یا حسینی یا باقری نمی‌نامند؟
در میان اهل بیت، از امام صادق(ع) بیش از دیگران نقل روایت شده است، چراکه روایت ایشان در مسائل مختلف فقهی مجموعه‌ای گسترده و بسیار متنوع را فراهم ساخته که پاسخگوی بسیاری از مسائل فقهی، اصولی، عقیدتی و کلامی است. ازاین‌رو، مذهب شیعه را مذهب جعفری خوانده‌اند و ازاین‌روست که عطار می‌گوید اگر ذکر او کنی، ذکر همه (12تن) است.
محوری‌ترین آموزه ایشان را باید در تعلیم و بسط عقلانیت جست‌وجو کرد، چراکه زمانه ایشان عصر تضارب مکاتب و نحله‌های متضاد فکری، فلسفی و کلامی است:«خداوند عقل را بیافرید و فرمود پیش بیا، آمد. فرمود عقب برو، رفت. سپس فرمود: سوگند به عزت و جلالم چیزی محبوب‌تر از تو نیافریده‌ام، برای تو پاداش می‌دهم و کیفر نیز برای تو است.»
بیان چنین عقلانیتی را در لابه‌لای حوادث زندگی ایشان می‌توان نشان داد. نیز بین امام صادق(ع) و فقهای آن عصر مناظراتی رخ داده است که از لابه‌لای این مناظرات می‌توان به تصوری از عقلانیت ایشان رسید.
یکی از این گفت‌وشنودها، ملاقات ابوحنیفه با امام است: «روزی امام خطاب به ابوحنیفه گفت: شنیده‌ام تو براساس قیاس فتوا می‌دهی.ابوحنیفه: آری. سپس امام برای باطل بودن قیاس مواردی از قوانین اسلام را که برخلاف این اصل است ذکر کرد و فرمود: به‌نظر تو کشتن کسی به‌ناحق مهم‌تر است یا زنا؟ ابوحنیفه گفت: کشتن به‌ناحق.
امام: بنابراین اگر عمل کردن به قیاس صحیح باشد، پس چرا برای اثبات قتل 2 شاهد کافی است ولی برای اثبات کردن زنا 4 شاهد لازم است؟ آیا قوانین اسلام با قیاس سازگار است؟ابوحنیفه: نه.امام: نماز مهم‌تر است یا روزه؟ ابوحنیفه: نماز. امام: پس چرا بر زن حائض قضای روزه واجب است ولی قضای نماز واجب نیست. آیا این حکم با قیاس سازگار است؟ابوحنیفه: نه.
امام فرمود: شنیده‌ام که این آیه را (ثم لتسئلن یومئذٍ عن النعیم) چنین تفسیر می‌کنی: خداوند مردم را از غذاهای لذیذ و آب‌های خنک که در فصل تابستان می‌خورند مؤاخذه و بازخواست می‌کند.
ابوحنیفه گفت: درست است من این آیه را این‌طور تفسیر کرده‌ام.امام فرمود: اگر مردی تو را به خانه‌اش دعوت کند و با غذاهای لذیذ و آب خنکی از تو پذیرایی کند و بعد برای این پذیرایی به تو منت بگذارد، درباره چنین کسی چگونه قضاوت می‌کنی؟ ابوحنیفه گفت: می‌گویم آدم بخیلی است.
امام فرمود: آیا خداوند بخیل است تا این‌که در روز قیامت درمورد غذاهایی که به ما داده ما را بازخواست کند؟ ابوحنیفه گفت: پس مقصود از نعمت‌هایی که قرآن می‌گوید انسان از آنها مؤاخذه می‌شود، چیست؟امام فرمود: مقصود نعمت دوستی با خاندان رسالت است که در قیامت، درمورد آن بازخواست می‌کند.»
این نحوه رفتار امام را که بر تعقل، گفت‌وگو و جدال احسن مبتنی است، صرفا در برخورد با مسلمانان نمی‌یابیم، امام با پیشوایان مکاتب الحادی و مادی نیز به همین سیاق عمل می‌کردند. برخلاف کسانی چون امام ابو محمد غزالی که در برخورد با مخالفان فکری خود، از حربه تکفیر بهره می‌جست.
از آن جمله می‌توان از «ابوشاکر دیصانی» نام برد. او که قائل به قدمت ماده بود، روزی در محضر حضرت صادق(ع) حاضر شد و گفت: «ما عقیده داریم که جهان ازلی و بی‌ابتدا است، شما که قائل به حدوث این عالم هستید، چه دلیلی دارید؟»
حضرت تخم‌مرغی را که آنجا بود برداشت و فرمود زیر پوست این تخم‌مرغ 2 مایع غلیظ وجود دارد که با هم مخلوط نمی‌شود. یکی مایع سفید رنگی که زیر پوست وجود دارد (سفیده) و دیگری مایع زردرنگی که در وسط مایع سفید قرار گرفته است (زرده). اگر این تخم مرغ را زیر بال‌های گرم مرغی بگذاریم، پس از چندی این تخم مرغ از هم می‌شکافد و جوجه‌ای با بال و پررنگین از آن بیرون می‌جهد. این تخم‌مرغ چند روز پیش وجود نداشته است، بلکه در اثر تخم‌گذاری مرغی به‌وجود آمده است، و پس از چندی هم جوجه‌ای که اکنون وجود ندارد، از میان همین تخم‌مرغ بیرون می‌آید.
با این وصف، آیا ما می‌توانیم این تخم‌مرغ را که از چند روز پیش به‌وجود آمد، یا آن جوجه را که پس از چند روز از این تخم‌مرغ به‌وجود خواهد آمد، قدیم بدانیم؟ اگر سایر اجزای جهان را هم مانند این تخم‌مرغ و جوجه تعقیب کنیم، سرانجام به روزی می‌رسیم که وجود نداشته‌اند. اگر این جهان قدیم بود، باید اجزای آن نیز از قدیم وجود می‌داشتند. این توضیح امام(ع) ابوشاکر را قانع کرد.
نمونه دیگری از تعقل و خردورزی امام در مقابل جماعت صوفیان و زاهدان نیز بسیار درس‌آموز است: «روزی سفیان ثوری و گروهی از زاهدان شهر نزد امام صادق(ع) آمدند. سفیان ثوری لباسی پشمینه و زبر بر تن کرده و امام لباسی نازک و درخور توجه به تن داشتند. سفیان به امام گفت: به‌درستی که این لباس شما نیست. نیاکان شما همیشه لباس‌های درشت و خشن به تن می‌کردند چرا در این روش به آنها اقتدا نمی‌کنید؟
امام صادق(ع) فرمود: آنچه را به تو می‌گویم از من بشنو و به دل بسپار که خیر دنیا و آخرت تو است: ... من به تو خبر می‌دهم که رسول خدا(ص) در زمان تنگدستی مسلمانان زندگی می‌کرد. این گشایش که امروز در بین مسلمانان به‌وجود آمده، در آن روز نبوده است و هرگاه دنیا اقبال کند، سزاوارترین افراد برای استفاده از نعمت‌ها نیکانند نه بدکاران، مؤمنانند نه منافقان، مسلمانانند نه کفار. خداوند دنیا را برای مؤمن آفریده است، نه برای کافر، زیرا کافر ارزشی نزد خداوند ندارد. ای ثوری! من با این وضعی که می‌بینی از روزی که خردمند شدم، شامی بر من نگذشته است که در مالم حقی باشد که خدا به من فرموده باشد، آن‌را در مصرفی برسانم، جز آن‌که بدان مصرفش رساندم.
اگر امیر مؤمنان علی(ع) در این زمان به‌سر می‌برد، هرگز آن لباس‌هایی را که در آن روزگار می‌پوشید به تن نمی‌کرد، تا نگویند او ریاکاری می‌کند و لباس شهرت می‌پوشد. از سوی دیگر امیر مؤمنان(ع) امام و والی مسلمانان بود و بر والی مسلمانان سزاوار نیست که از نظر زندگی و معاش بالاتر از فقرا باشد. حضرت علی(ع) در جواب کسانی که به وی گفتند: تو شب را گرسنه می‌مانی درحالی‌که ملکت و خلافت از آن توست، فرمود: بیم آن دارم که سیر شوم، درحالی‌که در (یمامه) یک نفر با شکم گرسنه شب را سپری کرده باشد.
من والی نیستم. خلافت از ما غصب گردیده است. اگر والی بودم، در این جهت به آن حضرت اقتدا می‌کردم. امام صادق(ع) به سفیان ثوری فرمود: نزدیک من بیا! او پیش حضرت آمد. آنگاه فرمود: سفیان نگاه کن که در زیر این پیراهن نازک چه می‌بینی؟ سفیان با تعجب دید که آن حضرت پیراهن پشمی زبری در زیر لباس‌های خود به تن کرده است.
امام فرمود: سفیان! این لباس زیرین را برای خدا به تن کرده‌ام و پیراهن دیگر را جهت اظهار نعمت پروردگار پوشیده‌ام.»
براساس چنین منش و اندیشه‌ای است که امام موجب حرکت بزرگ علمی در دنیای اسلام شد. چنانکه حوزه درس ایشان، میراث علمی عظیمی برجای نهاد و عالمان بسیاری را تربیت کرد. آنگونه که مورخان و عالمان اتفاق نظر دارند، شاگردان ایشان همه اهل مدینه نبودند، بلکه از شهرها و بلاد مختلف از دور و نزدیک نظیر عراق، مصر، خراسان، حمص و شام گرد ایشان جمع می‌شدند.
دانش‌پژوهان مکتب جعفری دارای یک عقیده و همه از شیعیان نبودند بلکه دارای عقاید و مذاهب متفاوت بودند. چنانکه ابوحنیفه بنیانگذار فقه حنفی شاگردیش را افتخار خود می‌دانست. مالک انس نیز که یکی از 4 فقیه مذاهب اهل تسنن است، در این زمینه با ابوحنیفه هم‌رأی است.
ازاین‌رو بسیاری از پژوهشگران معتقدند که حرکت‌های علمی دنیای اسلام اعم از شیعه و سنی مربوط به امام صادق(ع) است. بر این اساس، حوزه‌های سنی نیز برگرفته از اندیشه ایشان است، چراکه در رأس حوزه‌های سنی «جامع‌الازهر» است که هزار سال پیش به‌دست شیعیان فاطمی تشکیل شده. درواقع تمام حوزه‌های دیگر اهل تسنن از جامع‌الازهر منشعب می‌شود.
