محمد جان شکوری بخارایی آثار بسیاری دربارهٔ زبان فارسی (تاجیکی) و فرهنگ و تمدن فرارود (ماوراءالنهر) دارد.
او دربارهٔ تغییر خط در تاجیکستان گفته‌است: «یک مقصد تغییر خط که با یک فرمان عملی شد، همین بود که این خلق‌ها از گذشته خود جدا شوند. یک نیست‌انگاری تاریخی و فرهنگی به وجود آمد. به گذشته، گذشتهٔ لعنتی می‌گفتند. تاریخ بشریت [در این دیدگاه] از دوره سوسیالیسم شروع می‌شد. اینطور عقیده پیدا شده بود که چیزی که تا این وقت بود تاریخ نیست.»
همچنین دربارهٔ سلطهٔ زبان روسی بر تاجیکستان گفته‌است: «تا سال استقلال [۱۳۷۰ خورشیدی]، همه جلسه‌ها به روسی برگزار می‌شد. منصبداران تاجیک نمی‌توانستند در یک جلسه رسمی به تاجیکی صحبت کنند. لازم بود هم نمی‌توانستند. ملکه نبود، عادت نبود، اما امروز به تاجیکی صحبت می‌کنند. بعضی‌ها بسیار شکسته، لیکن بعضی‌ها خیلی خوب صحبت می‌کنند. این موفقیت بسیار بزرگ، در همین ده پانزده سال آخر به دست آمده‌است و اگر چند سال جنگ داخلی نمی‌بود، خیلی بیشتر گسترش می‌یافت. لیکن الان هم این روند ادامه دارد، روند از خود شدن زبان مادری در سطح بلند دولتی.»
شکوری در سال های اخیر به عنوان چهره ماندگار معرفی و به عضویت پیوسته فرهنگستان زبان و ادب فارسی هم درآمد. او در برخی از سمینارهای مهم زبان فارسی در ایران شرکت داشت و با چهره های نامی شعر و ادب و فرهنگ ایرانی نیز حشر و نشر علمی بسیاری داشت.
از جمله آثار مهم او سرپرستی فرهنگ فارسی تاجیکی در دو جلد بود که در دوره حکومت شوروی سابق به کوشش او و چند تن از ادیبان روسی و تاجیکی فراهم آمد. این فرهنگ به خط سیریلیک بود که در سال 1385 و به کوشش محسن شجاعی و زیر نظر دکتر شکوری به خط فارسی تبدیل و سپس از سوی انتشارات فرهنگ معاصر در دوجلد شکیل به بازار کتاب عرضه شد.
او در روز ۱۵ سپتامبر ۲۰۱۲ به بخش مراقبتهای ویژه بیمارستان ابن سینای دوشنبه منتقل شد. پزشکان وضع سلامتی او را وخیم خواندند. شکوری سالها از ورم غده‌ای رنج می‌برد و در نهایت در ساعت ۴ صبح روز یکشنبه ۱۶ سپتامبر مصادف با 26 شهریور در این بیمارستان درگذشت.