علیرغم تغییر برنامه درسی ملی، تعطیلی شنبه‌ها و کاهش ساعات کار مدارس، افزایش دروس اختیاری و ارایه فرصت های یادگیری تلفیقی که از سال تحصیلی 2002 به اجرا درآمد، بسیاری از دانش‌آموزان ژاپنی همچنان از زندگی در مدرسه راضی نیستند و میان میزان رضایت دانش‌آموزان از زندگی در مدرسه با افزایش سنوات تحصیلی آنها همچنان رابطه معکوس وجود دارد.
پژوهش ها نشان می‌دهد که علاقه دانش آموزان ژاپنی تقریباً در همه دروس از پایه چهارم ابتدایی نسبت به سال سوم دوره اول دبیرستان (پایه نهم) تغییر کرده است و کاهش زیادی را نشان می‌دهد. برای مثال مطابق پژوهش وزارت آموزش و علوم ژاپن در سال 2005 ، به ترتیب 75، 69، 54،46، و 64 درصد دانش آموزان پایه چهارم ابتدایی گفته‌اند که درس‌های علوم، ریاضیات، زبان ژاپنی، مطالعات اجتماعی و مطالعات تلفیقی را دوست دارند. در حالی که این ارقام برای دانش آموزان سال سوم دوره اول دبیرستان (پایه نهم) به ترتیب به 52، 36، 29، 37، و 51 کاهش یافته است.
جامعه ژاپن با تحلیل نتایج آزمون‌های بین‌المللی تیمز و پیسا به سرعت به استانداردهای تازه برنامه درسی ملی که از سال 2002 به اجرا درآمده است، واکنش نشان داده است و رسانه‌های گروهی خواستار بازاندیشی در برنامه درسی مدارس شده اند. دولت تا حدود زیادی تحت فشار قرار گرفته تا دست کم در ساعات آموزش مدارس بازنگری کند. شورای باز اندیشی در برنامه درسی ملی با حضور صاحب نظرانی از دانشگاه ها، صنعت، کارگزاران دولت و نمایندگانی از معلمان و مدیران آموزشی تشکیل شد.
به علاوه پژوهش‌های ملی تازه‌ای برای بازبینی عمل کارگزاران آموزشی، پیشرفت تحصیلی دانش آموزان و روند اجرای استانداردهای تازه برنامه درسی ملی طراحی و به اجرا در آمد. اگرچه نتایج این پژوهش‌ها نشان داد که نگرانی زیادی درباره کیفیت آموزشی و سطح تحصیلی دانش آموزان نسبت به گذشته و در مقیاس جهانی وجود ندارد، ولی نخست وزیر تازه ژاپن شینزو آبه که از سپتامبر 2006 به این سمت برگزیده شده است، در اولین اقدام، شورایی را مسول بازبینی اجرای برنامه درسی ملی و مشکلات آموزش مدارس کرد. این شورا، در اولین گزارش خود به نخست وزیر در ژانویه 2007، خواهان تجدید نظر در استاندارهای برنامه درسی ملی شده است و به طور مشخص به دولت توصیه کرده است که بیش از پیش به پرورش حرفه‌ای معلمان توجه کند و افزایش ساعات کلاس درس در مدارس را در دستور کار خود قراردهد.
اگرچه گزارش حاضر تا حدود زیادی به نقد برنامه درسی ملی که از سال 2002 به اجرا درآمد پرداخته است ولی این انتقادات به معنی رویگردانی ژاپنی ها از اجرای برنامه آموزشی مطالعات تلفیقی نیست. آنها بر این باورند که برنامه درسی ملی تحول مثبتی در فرایند بهسازی مناسبات پیچیده آموزش مدرسه ای به‌وجود آورده است و به ترویج رویکرد فرهنگی به آموزش یاری رسانده است. در عین حال راه طولانی برای طراحی و به کارگیری روش های موثر ارزشیابی پیامدهای سازنده استانداردهای تازه برنامه درسی وتبین عمومی آن وجود دارد. پژوهش های آموزشی بسیاری لازم است تا تأثیر استانداردهای تازه برنامه درسی ملی را در تربیت پنهان و پیدای دانش آموزان ژاپنی نشان دهد و امکان قضاوت درستی از اجرای رویکرد تربیتی به آموزش به دست دهد. برای مثال کاوشی تجربی و بین المللی لازم است تا نشان دهد که آیا میان ساعات آموزش مدرسه ای با موفقیت تحصیلی دانش آموزان ارتباط وجود دارد، و چرا دانش آموزان فنلاندی علارغم ساعات آموزش مدرسه ای کمتردر آزمون بین المللی پیسا ازهمتایان ژاپنی خود بازده بهترداشته اند.
