در اینجا، تنها به مبارزه امام باقر(ع) با سه فرقه اشاره میشود:
1. فرقه مرجئه
این فرقه در پایان نیمه اول قرن اول هجری پدید آمد. آنان بر این باور بودند که مرتکب گناهان کبیره، همیشه در دوزخ نمیماند، بلکه کار او را به خدا وا میگذاشتند. به این دلیل آنان را مرجئه میخواندند که نیت را کافی میدانستند و بر این باور بودند که خدا نیز بر آن بسنده میکند و عذابشان نخواهد کرد.
پس از آن که در نبرد صفین، سپاهیان شام، سپاه امیرالمومنین(ع) را به داوری کتاب خدا و سنت پیغمبر (ص) درباره خلافت امام علی (ع) یا معاویه مجبور کردند و علی (ع) به ناچار حکمیت «ابوموسی اشعری» و «عمرو بن عاص» را پذیرفت و این دو داور، به خلع علی (ع) از خلافت رأی دادند و خوارج، امام علی(ع) و معاویه را مرتکب گناهی بزرگ (حکمیت در دین خدا) دانستند و به دنبال این تهمت، این مسئله پیش آمد که مرتکب گناه کبیره را حال چیست؟ آیا در آتش جهنم مخلّد خواهد بود؟
به دنباله این بحث، سخن از ایمان و حدود آن به میان آمد و این که ایمان چیست و مومن کیست؟ این نزاع بستر سرکشی و فساد را برای حکمرانان مهیا کرد تا هر چه میخواهند بکنند و سرانجام کار را به خدا وا گذارند؛ زیرا که معصیت و گناه هیچ آسیبی به ایمان نمیرساند.
از این رو، حکمرانان خلفای بنیامیه تلاش زیادی در تقویت پایگاههای اعتقادی مرجئه کردند که از آنان «حجاج بن یوسف ثقفی» را میتوان نام برد. این فرقه در دوره امامت امام باقر(ع) نیز به فعالیت خود ادامه داد. امام با اتخاذ موضعی تند و آشکار با آنان مخالفت کرد و هر جا سخنی از آنان به میان میآمد، آنان را لعن و نفرین میکرد و میکوشید با بهرهگیری از این شیوه، محدوده اعتقادی درست شیعه را در زمینههای مختلف از این فرقه جدا کند؛ زیرا آنان با افراشتن عَلَم اعتقادات منحرف خود، سبب گمراهی پیروان اهلبیت(ع) میشدند و این به دلیل معاشرت زیاد آنان با دیگر شیعیان بود.
به عنوان نمونه، در گفت و گوی «عبدالله بن عطاء» با امام، سخن این گروه پیش میآید و عبدالله اعتقاد آنان را در مورد وقت بر پا داشتن نماز ظهر بیان میدارد. امام با توضیح مسئله، نظر مرجئه را رد میکند و میفرماید: «پروردگارا، پیروان گروه مرجئه را از رحمت خود دور فرما که آنان دشمنان ما در دنیا و آخرت هستند.»
2. فرقههای جبریه و قدریه
جبریه بر این باورند که انسان از خویش هیچگونه اختیاری ندارد و مجبور است. در مقابل آن، فرقه قدریه بر آنند که هر بندهای به وجود آورنده فعل خود است و خدا، کار او را به خودش وانهاده و حتی در اسباب کار یا انگیزه آن هم مختار است و درست در مقابل جبریه قرار دارند. این دو مسلک نیز در زمان خلافت امویان و در دوران حکمرانی معاویه به وجود آمدند و نزاع این دو، در تاریخ، پیشینهای دراز دارد و در دوران حکمرانی «معاویه بن یزید» و «یزید بن ولید» به اوج خود رسید.
امامیه، مشربی خلاف این دو نظر را پذیرفتند که توسط امامان شیعه تبیین شد. امام باقر (ع) نیز، در این زمینه بسیار کوشید و با پیروان این دو نظر به شدت برخورد کرد. ایشان در ردّ نظریه قدریه و جبریه فرمودند: «پروردگار بر آفریدگان خود مهربانتر از آن است که آنان را به گناه وا دارد و سپس بر آن عذابشان نماید. (ردّ دیدگاه جبریه) و او عزیزتر از آن است که اراده انجام کاری را بکند و آن محقق نگردد (ردّ دیدگاه قدریه). ایشان در پاسخ به این که آیا مشرب سومی هم وجود دارد، میفرمود: آری، گستردهتر از فاصله میان آسمان و زمین (و آن مشرب امر بین الامرین است).