از این‌رو نام این مسجد نیز با تاریخ انقلاب و نهضت امام خمینی گره خورده و در شمار مراکز انقلاب درآمده است. زمین مسجد سلماسی را حاج محمد آقازاده از بازرگانان خوشنام قم واگذار کرد. سپس مرحوم حاج یحیی سلماسی از اهالی نیک‌اندیش سلماس، ساخت و ساز آن را بر عهده گرفت و بنای کنونی را به سامان رساند. از کتیبه‌ای که بر سر در مسجد وجود دارد، چنین بر می‌آید که تاریخ بنای آن سال 1366 هـ .ق بوده است.
مسجد سلماسی در انتهای کوچه آقازاده قرار دارد و ضلع غربی آن نبش کوچه دیگری است. از ویژگی‌های مسجد سلماسی، سادگی و بی‌پیرایگی آن است. تقریبا هیچ یک از تزیینات و معماری‌های معمول در مساجد، در آن به کار نرفته است. از سال نخست احداث تا سال 1380 هـ .ش، هیچ گونه تعمیری نداشته و اولین بار حجت‌الاسلام والمسلمین حاج سید حسن خمینی، امر مرمت و بازسازی آن را داد. بر اساس کتیبه روی دیوار، این مسجد و آب انبار آن از موقوفات آستانه مقدسه حضرت معصومه(ع) است. شهرت مسجد سلماسی از روزی آغاز شد که امام خمینی، تدریس خود را به آنجا منتقل کرد. یکی از شاگردان امام در این‌باره می‌نویسد: « امام ابتدا در مسجد کوچکی نزدیک حرم تدریس می‌کردند. چون مکان کوچک بود و شاگردان زیاد بودند، مکان دیگری را پیشنهاد کردند.
ایشان نیز مسجد سلماسی را برگزیدند؛ اما این مسجد هم گنجایش جمعیت زیاد شاگردان را نداشت. بالاخره امام با اصرار شیخ نصر‌الله خلخالی با انتقال محل تدریس به مسجد اعظم موافقت کردند.» مسجد سلماسی، هر روز صبح و عصر، شاهد برگزاری درس‌های امام بود. با اتمام درس، طلبه‌های بسیاری از مسجد خارج می‌شدند و کوچه و خیابان مشرف به مسجد را آکنده از حالتی روحانی می‌کردند. یکی از شاگردان امام درباره مجلس درس ایشان در مسجد سلماسی خاطره‌ای بدین مضمون دارد: «روزی طلبه‌ها از امام خواستند که بر منبر دو پله‌ای مسجد بنشینند؛ زیرا صدای ایشان به حضار نمی‌رسید. امام نمی‌پذیرفتند، ولی وقتی اصرار طلبه‌ها بیشتر شد، بر روی منبر رفتند و نشستند.
وقتی بر منبر قرار گرفتند، حال دیگری پیدا کردند و درس را با این جمله شروع کردند: آدم، وقتی دو پله بالاتر می‌نشیند، نباید خودش را گم کند. به این ترتیب درس اصول به درس اخلاق تبدیل شد و حاضران را سخت تحت تاثیر قرار داد.» مسجد سلماسی قم، بهترین روزهای خود را در ایامی گذراند که میزبان صدها تن از طلاب فاضل و تشنه علوم دینی بود. از حدود 4 هزار طلبه در قم، 800 نفر در درس امام حاضر می‌شدند. این جمعیت علاوه بر صحن مسجد، پله‌های آن را نیز مملو از انسان‌هایی می‌کرد که حضور در درس امام را بر خود واجب کرده بودند.
