پس از گذراندن دوره ابتدایی وارد هنرستان عالی موسیقی (کنسرواتوار تهران) شد و زیر نظر آنتون کادلتس (ابوا) حسین ناصحی تهرانی (آهنگسازی) و شفیقه صدقی (پیانو) آموزش‌های موسیقی را پی گرفت.
پس از به اتمام رسانیدن دوره متوسطه، همزمان با گذراندن دوره عالی کنسرواتوار تهران، سال‌ها به عنوان سولیست با ارکستر سمفونیک تهران همکاری داشت. همچنین در سال آخر اقامت خود در ایران استاد کنسرواتوار تهران، دانشکده هنرهای زیبای دانشگاه تهران و مدرسه موسیقی صداوسیما بود و کنسرت‌های متعددی را با ارکستر سمفونیک تهران و ارکستر مجلسی صداو سیما به عنوان تکنواز ابوا اجرا کرد. در کنار این فعالیت‌ها، وی در سالهای آخر اقامت خود در ایران با همکاری تالار رودکی، انجمن فیلارمونیک تهران، ژونس موزیکال ایران و تلویزیون ملی ایران کنسرت‌های متعددی را در تهران و دیگر شهرهای بزرگ ایران از قبیل مشهد، تبریز، ارومیه، اصفهان و شیراز با موفقیت بسیار اجرا کرد.
در سال ۱۳۵۴ به منظور ادامه فعالیت‌های هنری خود و تحصیل در زمینه رهبری ارکستر و موزیکولوژی عازم اروپا شد و در آنجا ابتدا زیر نظر استادان سرشناس مانند هاینتس هولیگر (Heinz Holliger) در فرایبورگ (آلمان)؛ پی یر پی یرلو (Pierre Pierlot) در پاریس (فرانسه)؛ میلان هوروات (Milan Horvath)، در سالزبورگ (اتریش)؛ فرانکو فرارا (Franco Ferrara) در سی ینا (ایتالیا) و سرجو چلیبیداکه (Sergiu Celibidache) در مونیخ (آلمان) به تحصیل پرداخت و به زودی از سوی آنان به عنوان همکار پذیرفته شد.
منوچهر صهبایی در سال ۱۹۷۶در مسابقه ویرتوزیته در فرانسه شرکت کرد و جایزه نخست آنرا به خود اختصاص داد. وی از سال ۱۹۷۵ تا ۱۹۷۹ میلادی در مدرسه موسیقی شهر افن بورگ در آلمان تدریس کرد. در سال ۱۹۷۹در مسابقه استخدام نوازنده ابوای اول، که از طرف ارکستر سمفونیک شهر سن گالن در سوییس برگذار شد، شرکت کرد و بین ۱۶۵ نفر داوطلب متخصص به مقام اول رسید و دوازده سال به عنوان رهبر ارکستر و سولیست ابوا همکاری داشت.
در همان سال از طرف کنسرواتوار شهر فلدکیرش برای تدریس به کشور اتریش دعوت شد و از طرف دولت آن کشور درجه پرفسوری به او اهدا شد. ارکستر سمفونیک آن کنسرواتوار بارها به رهبری صهبایی برنده جایزه اول مسابقات اروپایی شد.
وی مدت چهارده سال نیز رهبری ارکستر مجلسی شهر آمریس ویل در سوییس را به عهده داشت. منوچهر صهبایی در سال ۱۹۸۷ در مسابقه رهبری ارکستر در بلژیک شرکت کرد و مقام نخست و مدال طلای این مسابقه را از طرف وزارت فرهنگ آن کشور دریافت نمود. در سالهای ۱۹۸۹ و ۱۹۸۷ برای اجرای کنسرت و تدریس در کلاس‌های تابستانی (master class) به کشورهای ژاپن، هنگ‌کنگ، تایوان و سنگاپور دعوت شد و از طرف دانشگاه تایپه (Taipeh) به دریافت بالاترین لوح هنری کشور تایوان نایل شد.
وی هیچگاه دست از تحقیق و مطالعه بر نداشته و در سالهای نخست اقامت خود در سوییس به مدت چهار سال در مدرسه عالی ترجمه شهر سن گالن به تحصیل پرداخت و در زبان‌های آلمانی، فرانسه، ایتالیایی و انگلیسی فارغ التحصیل شد و پس از سال‌ها تحقیق و تحصیل در زمینه‌های مختلف از جمله موسیقی شناسی، جامعه شناسی، هنرشناسی و فلسفه در سال ۱۹۹۵ رساله‌ای نوشت با عنوان "تحقیق بر طرح های پارتیتور پرستش بهار " اثر ایگور استراوینسکی، به منظور روشن کردن چگونگی آفرینش آن اثر.
در سال ۱۹۹۶ رساله دیگری با عنوان "نوسان‌ها در پارتیتور نویسی پرستش بهار" اثر ایگور استراوینسکی به دانشکده علوم انسانی دانشگاه استراسبورگ ارائه کرد.
وی از سال ۱۹۹۳ به مطالعه و تحقیق در مورد تاریخ موسیقی سمفونیک ایران و آثار آهنگسازان ایرانی پرداخت و در سال ۱۹۹۹ رساله‌ای در این مورد به نام "موسیقی چند صدایی ایران ۱۲۴۷-۱۳۷۷ "La musique polyphonique persane 1868-1998 به دانشگاه استراسبورگ ارائه داد و به دریافت بالاترین درجه دکترای دانشگاهی کشور فرانسه نایل شد: دکترای دانشکده علوم انسانی دانشگاه استراسبورگ. تخصص: هنرها (تاریخ ،مبانی و تجربه هنرها) با ذکر: درجه عالی و با تبریک هیئت داوران.
منوچهر صهبایی در چند سال اخیر در صدد معرفی و اجرای قطعات سمفونیک آهنگسازان ایرانی برآمده است و تاکنون به همت وی آثاری که بعضی از آن‌ها به دست فراموشی سپرده شده و یا تقریباً از بین رفته بودند بازسازی شده و در کنار آثار آهنگسازان بزرگ جهان در برنامه‌های مختلف در اروپا اجرا شده‌اند.
به عنوان مثال آثاری از: علیرضا مشایخی، حسین دهلوی، ثمین باغچه بان، حسین ناصحی، دکتر محمدتقی مسعودیه، مصطفی کمال پورتراب، حشمت سنجری، مرتضی حنانه، حسین یوسف زمانی و ... تا کنون قسمتی از این آثار به وسیله موسسه ماهور در تهران و موسسه آریان اِ ام اس (Aryens EMS) در اروپا منتشر شده و آثار دیگری در آینده نزدیک به چاپ خواهد رسید.
منوچهر صهبایی در حال حاضر مقیم کشور سوییس و اتریش است و در کنسرواتوار شهر فلدکیرش (Feldkirch) در اتریش، تدریس می‌کند و رهبری چند ارکستر اروپایی را به عهده دارد.
صهبایی اخیراً رهبری موقت ارکستر سمفونیک تهران را بر عهده گرفته است.
