این پناهگاه شامل 2 جزیره خارک و خارکو به مساحت 2398 هکتار است که به فاصله 4 کیلومتر از یکدیگر در شمال خلیج فارس و استان بوشهر قرار دارند.
جزایر یاد شده با ارتفاع متوسط 40 متر به نسبت مسطح بوده و دارای سواحل صخره‌ای، شنی و مرجانی بسیار زیبایی هستند. خارکو با متوسط کمینه و بیشینه درجه حرارت سالانه
6 و 24درجه سانتی‌گراد و متوسط بارندگی سالانه 200 میلی‌متر از اقلیم فراخشک و گرم برخوردار است.
گونه‌های گیاهی مهم منطقه عبارتند از: نی، لویی، جگن، انجیر معابد، بهمن، خارشتر، جغجغه، چمن‌شور و همچنین کهور پاکستانی که گونه ای درختی وارداتی است. برخی گونه‌های مهم جانوری منطقه نیز به قرار زیر است: آهو، خرگوش، کلاغ‌هندی، فلامینگو، کاکایی،حواصیل و لاک پشت سبز. آهو مهم‌ترین گونه جانوری وارداتی به این جزیره است.
این منطقه زیستگاه مناسبی برای جوجه‌آوری پرستوهای دریایی تیره و پشت دودی محسوب می‌شود. در این جزیره جمعیت قابل توجهی از کلاغ‌هندی وجود دارد.از سوی دیگر در فصل مهاجرت، پرندگان مهاجر از قبیل اگرت بزرگ، باکلان و فلامینگوی بزرگ به این پناهگاه روی می‌آورند.با وجود همه این زیبایی‌ها تاسیسات نفتی و نیز عملیات گسترده مرتبط با نفت، اثرات زیانباری بر محیط‌زیست طبیعی این منطقه وارد کرده است و متأسفانه این روند همچنان ادامه دارد.
